Το στοματικό έλκος είναι μία φλεγμονώδης πάθηση που χαρακτηρίζεται από την εμφάνιση ελκώδους οιδήματος ή πληγής στην εσωτερική επιφάνεια του στόματος (στοματικό βλεννογόνο) και προκαλεί πόνο.
Το στοματικό έλκος καταστρέφει τοπικά το επιθήλιο του στοματικού βλεννογόνου, αφήνοντας το συνδετικό ιστό εκτεθειμένο.
Μέχρι την ανάπλαση του επιθηλίου, οι νευρικές απολήξεις εκτίθενται σε ποικίλα ερεθίσματα στη στοματική κοιλότητα (τροφή, σάλιο, τρίψιμο κτλ) με αποτέλεσμα να προκαλούνται τα συμπτώματα του πόνου.