Δεν είναι πάντα εύκολο να γίνει διάκριση μεταξύ του στοματικού έλκους και άλλων νοσημάτων που επηρεάζουν τη στοματική κοιλότητα.
Τα στοματικά έλκη συνήθως έχουν:
οβάλ σχήμα
μέγεθος που κυμαίνεται μεταξύ λίγων χιλιοστών και πάνω από 1 cm
κιτρινωπό-λευκό ή γκριζωπό χρώμα
ερυθρό δακτύλιο («φωτοστέφανο»)
Τα στοματικά έλκη μπορεί να εμφανιστούν μεμονωμένα ή σε συστάδες και έχουν πολύ διαφορετικά επίπεδα έντασης και σοβαρότητας.