Το πρώτο σύμπτωμα της άφθας είναι ένα τσούξιμο / αίσθημα καύσου σε εντοπισμένο σημείο του βλεννογόνου του στόματος.
Στη συνέχεια παρουσιάζεται ερυθρότητα και οίδημα και σχηματίζεται κυψέλη ή ομάδες φυσαλίδων. Μέσα σε 24-48 ώρες ο πόνος γίνεται εντονότερος καθώς η κυψέλη σπάει και μετατρέπεται σε ανοικτή πληγή που μπορεί να οδηγήσει σε λοίμωξη χωρίς τη λήψη κατάλληλης θεραπείας. Σε αυτό το στάδιο η άφθα έχει οβάλ σχήμα κι ένα υπόλευκο / γκριζωπό χρώμα, με ερυθρό δακτύλιο περιμετρικά (φλεγμονή) . Η διάμετρος είναι συνήθως 3-4 mm, αλλά σε σοβαρότερες περιπτώσεις μπορεί να υπερβαίνει το 1 cm.
Τα περισσότερα στοματικά έλκη διαρκούν από μία εβδομάδα μέχρι ένα μήνα, και ο πόνος, αν και επηρεάζει μια περιορισμένη περιοχή, μπορεί να είναι πολύ έντονος, προκαλώντας δυσφορία, κόπωση ή δυσκολία με το φαγητό.
Η άφθα εμφανίζεται συνήθως στο στοματικό βλεννογόνο, τη μαλακή υπερώα (μάγουλα) τα χείλη, τη γλώσσα, τα ούλα ή τον ουρανίσκο. Στις περισσότερες περιπτώσεις το στοματικό έλκος συμβαίνει μεμονωμένα, αλλά μπορεί επίσης να βρεθεί σε μικρές συστάδες. Δεν είναι μολυσματικό ή μεταδοτικό και δεν αποτελεί κίνδυνο για την υγεία.
Όταν έχουμε εκδήλωση πολλαπλών στοματικών ελκών ή υπάρχει χρόνια επαναλαμβανόμενη διαδικασία σχηματισμού στοματικών ελκών έχουμε την περίπτωση της αφθώδους στοματίτιδας (γνωστή και ως «υποτροπιάζουσα αφθώδη στοματίτιδα»). Τα συμπτώματα της στοματίτιδας περιλαμβάνουν πυρετό και διόγκωση των λεμφαδένων.