Το στοματικό έλκος, σε αντίθεση με τον έρπητα, δεν είναι ιογενούς αιτιολογίας ενώ εμφανίζεται αποκλειστικά στο εσωτερικό μέρος των χειλιών, των παρειών (μάγουλων), στην ουλοπαρειακή αύλακα, στα ούλα, τον ουρανίσκο ή τη γλώσσα.
Ένας από τους ευκολότερους τρόπους διάκρισης μεταξύ στοματικού έλκους και έρπητα είναι με βάση την περιοχή εμφάνισής του.
Η αντιμετώπιση του στοματικού έλκους βασίζεται:
στην εσωτερική επιφάνεια των χειλιών και των παρειών (μάγουλων)
στην άκρη και το κάτω μέρος της γλώσσας
στον ουρανίσκο
στην ουλοπαρειακή αύλακα και τα ούλα
Αντίθετα ο έρπης:
παρουσιάζεται συνήθως στην εξωτερική άκρη των χειλιών ή στην περιοχή γύρω από αυτά
εμφανίζεται σπανιότερα, στα ούλα και τη σκληρή υπερώα
συνοδεύεται από κνησμό και συστάδες μικρών φυσαλίδων